Văn phòng Chương trình khoa học và công nghệ cấp quốc gia giai đoạn 2016 - 2020 "Những vấn đề cơ bản và cấp bách về dân tộc thiểu số và chính sách dân tộc ở Việt Nam đến năm 2030", mã số CTDT/16-20 (gọi tắt là Văn phòng Chương trình CTDT/16-20)  được thành lập theo Quyết định số 490/QĐ-UBDT, ngày 03/9/2015 của Bộ trưởng, Chủ nhiệm Ủy ban Dân tộc.
Văn phòng Chương trình CTDT/16-20 là đơn vị dự toán cấp III, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng, thực hiện chức năng, nhiệm vụ theo quy định tại Quy chế tổ chức quản lý hoạt động của Chương trình khoa học và công nghệ cấp quốc gia giai đoạn 2016 - 2020 "Những vấn đề cơ bản và cấp bách về dân tộc thiểu số và chính sách dân tộc ở Việt Nam đến năm 2030" do Bộ trưởng, Chủ nhiệm Uỷ ban Dân tộc ban hành và Điều 8, Thông tư 05/2015/TT-BKHCN ngày 12/3/2015 của Bộ Khoa học và Công nghệ, cụ thể:
a) Chủ trì thực hiện nhiệm vụ quản lý kinh phí theo quy định tại điểm b, khoản 5, Điều 5 của Thông tư số 05/2015/TT-BKHCN; 
b) Tiếp nhận và cấp phát kinh phí cho cá nhân, tổ chức chủ trì nhiệm vụ thuộc Chương trình theo tiến độ ghi trong Hợp đồng; phối hợp với các Vụ chức năng của Uỷ ban Dân tộc quản lý việc đầu tư mua sắm trang thiết bị cho các nhiệm vụ và của Chương trình theo quy định hiện hành;
c) Chủ trì tham mưu giúp Chủ trì nhiệm vụ thực hiện các nhiệm vụ được quy định tại các điểm c, g, h, khoản 1 Điều 5 của Quy chế này;
d) Bảo đảm các điều kiện về cơ sở vật chất; kinh phí hành chính phục vụ cho hoạt động quản lý, điều hành Chương trình;
e) Xây dựng cơ sở dữ liệu và trang thông tin điện tử (website) và tổ chức thông tin thường xuyên về hoạt động của Chương trình;
g) Đầu mối phát hành và nhận các văn bản hành chính có liên quan của Chương trình. Tổ chức quản lý, lưu trữ, bảo quản các văn bản, tài liệu liên quan đến hoạt động của Chương trình theo quy định;
e) Thực hiện báo cáo định kỳ (6 tháng, 1 năm, sơ kết giữa kỳ, tổng kết…) và đột xuất về tình hình triển khai các nhiệm vụ thuộc Chương trình;
g) Chủ trì, phối hợp với Đơn vị quản lý nhiệm vụ của Chương trình kiểm tra, giám sát tình hình thực hiện và sử dụng ngân sách của các nhiệm vụ thuộc Chương trình; theo dõi, tổng hợp việc huy động và sử dụng các nguồn vốn ngoài ngân sách nhà nước của các nhiệm vụ; phát hiện, xử lý kịp thời những khó khăn, vướng mắc theo thẩm quyền trong tổ chức thực hiện; đề xuất biện pháp xử lý và báo cáo Chủ trì Chương trình quyết định trong trường hợp vượt quá thẩm quyền;
h) Phối hợp với Đơn vị quản lý nhiệm vụ xây dựng kế hoạch và dự toán ngân sách hằng năm của Chương trình, để tổng hợp trong kế hoạch KH&CN chung của Uỷ ban Dân tộc gửi Bộ Khoa học và Công nghệ và các Bộ, ngành liên quan; tổng hợp và báo cáo chung về kết quả thực hiện, tình hình sử dụng và thanh quyết toán kinh phí của Chương trình theo quy định;
i) Thực hiện một số nhiệm vụ khác theo chỉ đạo của Chủ trì Chương trình và yêu cầu, đề xuất của Đơn vị quản lý nhiệm vụ của Chương trình.